Cem Özdoğan

Özgeçmiş

İzmir Kâtip Çelebi Üniversitesi

Mühendislik ve Mimarlık Fakültesi

Mühendislik Bilimleri Bölümü H1-33

Balatçık, Çiğli 35620 İzmirTürkiye

T +90 (232) 270 5470

T +90 (232) 329 3535 / 3803

u +90 (232) 386 0888

B cem.ozdogan@ikc.edu.tr, cozdogan11@gmail.com

Í http://cemozdogan.net

Eğitim

2002

1996

Doktora, Fizik, Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Ankara Türkiye.

1996

1994

Yüksek Lisans, Fizik, Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Ankara Türkiye.

1994

1989

Lisans, Fizik, Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Ankara Türkiye.

Doktora Tezi

Başlık

N-Mertebeli Paralel Sıkı-Bağ Moleküler-Dinamik Bilgisayar Simülasyonu: Karbon

Nanotüp Çalışması

Danışman Prof. Dr. Gülay Dereli

Kısa Tanım

Karbon nanotüblerin simülasyonlarında kullanılmak üzere N-Mertebeli Paralel Sıkı-

Bağ Moleküler Dinamik Bilgisayar Simülasyonu (SBMD) yöntemi geliştirilmesi

hedeﬂenmiştir. O(N) SBMD (Böl ve Kullan (Divide and Conquer) yaklaşımı ile)

yöntemi karbon nanotüb simulasyonu programımıza uygulanmış ve daha sonra O(N)

SBMD programımı da paralelleştirilmiştir. Geliştirdiğimiz O(N) Paralel SBMD

programını 10x10 ve 17x0 yapısındaki karbon nanotüblerinin çalışılmasında kullandık.

Elastik özelliklerinin eksen boyunca yapılan baskı ile değişmesi oda sıcaklığında

çalışılmıştır. Young modülüsü, germe şiddeti, Poisson oranı ve salınım frekansı

değerleri hesaplanmıştır. Yüksek baskı oranlarında kopmalar gözlendi.

Yüksek Lisans Tezi

Başlık

Bakır "Cluster"larının Moleküler-Dinamik Bilgisayar Simülasyonu: Kararlı Yapıları,

Enerjileri ve Erimesi

Danışman Prof. Dr. Şakir Erkoç

Kısa Tanım

Moleküler–Dinamik bilgisayar simülasyonu metodu kullanılarak geliştirdiğimiz pro-

gramla bakır "cluster"larının özellikleri incelendi. Simülasyonda Erkoç tarafından

teklif edilen ikili atomik etkileşmelerden oluşan ampirik bir potansiyel enerji fonksiy-

onu kullanıldı.

(

= 13

−

135) küresel kabuk şeklinde yapılmış "cluster"ların

yapıları ve enerjileri

= 1

= 300

sıcaklıklarında incelendi. Ayrıca

= 13

ve n = 55 "cluster"larının erime davranış ve süreçleride incelenmiştir.

Bildiği Diller

Türkçe Yerel Ana Dili

İngilizce Akıcı Günlük Konuşma Pratiği

İlgi Alanları

Fizik

{

Atomik ve Moleküler [10] Topaklar [7–9, 11, 16, 17, 21, 22, 24, 25, 32–34, 40, 41]

{

Klasik ve Kuvantum Moleküler Dinamik Simülasyonları [3, 4, 7, 8, 20, 23, 26–30,

32, 33, 42, 43, 45, 47]

{ Çok Cisim Potansiyelleri [30, 47]

{ İyon-Yüzey Çarpışmaları [20, 26, 42, 43]

{ Hidrojen Depolanması [21, 22, 24]

{ Enerji Depolanması - Süperkapasitörler [2]

Kimya

Elektronik Yapı Hesaplamaları/Hesaplamalı Kimya [1–6, 9–11, 13, 15–19, 21, 22,

24, 25, 31, 34, 40, 41, 46]

Bilgisayar

Paralel Hesaplama & Yüksek Başarımlı Hesaplama (YBH) [7, 8, 12, 14, 20, 23,

26–29, 32, 33, 35, 36, 42–46], Veri Madenciliği [12, 14, 35, 36, 44]

Ana İlgi

Karbon [1–6, 13, 15, 18, 19, 23, 27, 28, 31, 38, 41, 45, 46] ve Bor [1–5, 9, 11, 16,

17, 25, 29, 31, 34, 40] tabanlı nano ve periyodik sistemler: Yapısal, elektronik ve

manyetik özellikleri

Bilgisayar ve Bilimsel Beceriler

Geliştirme, Yazılım ve Teknik

EAM MD

"Embedded" Atom Model Moleküler Dinamik (EAM MD) programının paralelleştir-

ilmesi ve Yüzey-İon çarpışmalarına ve topaklara uygulanması [7, 8, 20, 26, 32, 33,

42, 43]

SBMD

N Mertebeli Sıkı Bağ Moleküler Dinamik (SBMD) Simulasyonu programının yazılması

ve Karbon Nanotüplere uygulanması [23, 27–29, 45]

Klasik Moleküler Dinamik (MD) Simulasyonu programının yazılması ve Bakır Topak-

larına uygulanması [30, 47]

Diller Fortran, C, C++, Bash kabuk betikleri, Python

Derleyiciler Intel, Portland

Hata

Ayıklayıcılar

TotalView, gdb

Kütüphaneler

(Sca)+Lapack, Blas, MPI(Message Passing Interface), PVM (Parallel Virtual Ma-

chine), OpenMP

Genel L

X, PovRay

Matematik Matlab, Mathematica

Ağ LAN (Local Area Network) kurulması ve yönetimi (Linux)

Cluster Kurulması ve yönetimi

Teknik Kurs

CISCO CCNA Bilgisayar Ağları, Ekim 2006 - Haziran 2007, Ankara, ODTÜ Türkiye

(Sertiﬁka)

Teknik Kurs

Joint ICTP-INFM School on High Performance Computing on Linux Clusters, 31

January-15 February 2002, Trieste, Italy (Katılımcı)

Teknik Kurs

Performance Optimization and Parallelization on Sun Systems, Istanbul, Turkey

April 4-6, 2000 (Katılımcı)

Hesaplamalı Kimya/Fizik

Yazılımlar VASP, Gaussian, QuantumATK, (Tran)siesta

Görsel/Analiz XCrysDen, Chemcraft, Gaussview, QuantumATK (VNL)

Deneyim

Koordinasyon

2015

2012

Fizik Dersleri

, Çankaya Üniversitesi, Genel Koordinatör, Tüm Üniversite/Merkez

Kampüs.

2014

2011

Ders Çizelgelemesi

, Çankaya Üniversitesi, Genel Koordinatör, Tüm Üniver-

site/Merkez Kampüs.

2010

2008

Erasmus

, Çankaya Üniversitesi, Bölüm Koordinatörü, Bilgisayar Mühendisliği

Bölümü.

2015

2002

Paralel ve Bilimsel Hesaplama Öbeği

, Çankaya Üniversitesi, Yönetimi, Tüm

Üniversite.

2010

New Trends in Nanotechnolgy and Nonlinear Dynamical Systems

, Çankaya

Üniversitesi, Bilim ve Düzenleme Komiteleri, Sempozyum.

2008

International Workshop on New Trends in Science and Technology

, Çankaya

Üniversitesi, Bilim ve Düzenleme Komiteleri, Sempozyum.

Kısa Ziyaretler

2010

Ziyaretçi Araştırmacı

, Prof. Dr. Ravindra Pandey, Michigan Technological Uni-

versity, ABD, 6 hafta.

Azobenzene’nin iletim özellikleri; Transiesta

2009

Ziyaretçi Araştırmacı

, Prof. Dr. Alexander Quandt, University of Greifswald,

Almanya, 2 hafta.

Yeni graﬁn tabanlı nano ölçekli malzemelerin simülasyonu; Vasp

2008

Araştırmacı

, Prof. Dr. Alexander Quandt, University of Greifswald, Almanya, 2

hafta.

Yeni graﬁn tabanlı nano ölçekli malzemelerin simülasyonu; Vasp

2007

Araştırmacı

, Prof. Dr. Alexander Quandt, University of Greifswald, Almanya, 10

hafta.

Düzlemsel bor-karbon arayüzlerinin temel prensipler yöntemleri ile çalışılması; Vasp

Proje Çalışmaları

2021

2017

Yürütücü

, Düzlemsel ve Tüp Nano Heteroyapı Çift Katman Elektrostatik Süperkapa-

sitörlerin Tasarlanması ve Enerji Depolama Yeteneklerinin Temel İlkeler Yöntemleriyle

Araştırılması, TÜBİTAK, MFAG 115F137.

Bilimsel Araştırma Projesi; TÜBİTAK Desteği

2018

2015

Araştırmacı

, Altıgen bor nitrit/grafen (h-BN/G) düzlemsel hibrit ve heteroyapılarının

yapısal, elektronik ve manyetik özelliklerinin incelenmesi ve kusurlar ile fonksiy-

onelleştirilmiş nanosistemler tasarlanması, TÜBİTAK, MFAG 114F426.

Bilimsel Araştırma Projesi; TÜBİTAK Desteği

2007

Yürütücü

, Düzlemsel bor-karbon arayüzlerinin temel prensipler yöntemleri ile çalışıl-

ması, HPC-EUROPA, RII3-CT-2003-506079.

Research Infrastructure Action under the FP6 "Structuring the European Research Area"

Programme

2007

2005

Araştırmacı

, Temiz Enerji Kaynağı Hidrojenin Nano Yapılarda Depolanması,

TÜBİTAK, TBAG (105T084).

Bilimsel Araştırma Projesi; TÜBİTAK Desteği

2001

2000

Araştırmacı

, Nanotüplerin Elektronik Yapısının ve Bunun Topolojik Kusurlar ve

Gerilmeler Altındaki Degisiminin Sıcaklıga Baglı Bilgisayar Simulasyonu, TÜBİTAK,

TBAG (199T106).

Bilimsel Araştırma Projesi; TÜBİTAK Desteği

2002

2000

Araştırmacı

, N-Mertebeli Paralel Bilgisayar Simülasyonu ile Karbon Nanotüplerin

Elektronik Yapılarının İncelenmesi, ODTÜ, AFP-2000-07-02-11.

Bilimsel Araştırma Projesi; ODTÜ Desteği

Askerlik Hizmeti

2002

Katip Er, İsk. Dz. Er. Eğt. Aly. 11. Er Eğt. Blk Kom.

Tez Danışmanlığı

2021

2017

PhD

, Habibu Aminu Hussain, İzmir Kâtip Çelebi Üniversitesi, Boşlukların Grafen

ve h-BN Hibritin Yapısal, Elektronik ve Manyetik Özellikleri Üzerindeki Etkilerinin

Temel İlkeler Yöntemleriyle Araştırılması, Danışman.

Tamamlandı

2020

2014

Doktora

, Nazan Kara, Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Enerji Depolanması İçin

Karbon Tabanlı Nano Yapı Süperkapasitörler, Eşdanışman.

Tamamlanmadı

2011

2010

Yüksek Lisans

, Ahmet Artu Yıldırım, Çankaya Üniversitesi, Geniş Veri Kümeleri

Üzerinde "Clustering" Tekniği ile Paralel Veri Madenciliği, Danışman.

Tamamlandı

2010

2009

Yüksek Lisans

, Afşar Türk, Çankaya Üniversitesi, GSM Frekanslarında Elektro-

manyetik Alanların İnsan Kafası Üzerinde Olusturdugu Isı Etkisi, Eşdanışman.

Tamamlandı

2005

2004

Yüksek Lisans

, Hüseyin Şahin Akbal, Çankaya Üniversitesi, Uzaktan Algılama

Görüntüleri İçin Yazılım Araçlarının Geliştirilmesi ve Paralel Programlama Uygula-

maları, Danışman.

Tamamlandı

Akademik, Eğitim & Öğretim

2019

Profesör, Mühendislik Bilimleri Bölümü, İzmir Kâtip Çelebi Üniversitesi, İzmir.

• Eğitim.

{ Fizik I;

{ Fizik II;

{ Piton ile Bilimsel Hesaplama;

{ Yüksek Başarımlı ve Paralel Hesaplamaya Giriş.

2018

2017

Profesör

, Mühendislik Bilimleri Bölümü, İzmir Kâtip Çelebi Üniversitesi, İzmir,

Bölüm Başkanı.

• Eğitim.

{ Fizik I;

{ Fizik II;

{ Mühendislik İçin Kuantum Mekaniği.

2017

2016

Doçent, Mühendislik Bilimleri Bölümü, İzmir Kâtip Çelebi Üniversitesi, İzmir.

• Eğitim.

{ Fizik II;

{ Mühendislik İçin Kuantum Mekaniği;

{ Malzemelerin Elektrik, Optik ve Manyetik Özellikleri.

2015

2013

Doçent

, Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Bölümü, Çankaya Üniversitesi, Ankara,

Bölüm Başkanı.

• Eğitim.

{ Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Oryantasyon;

{ Sayısal Yöntemler;

{ Paralel Hesaplama;

{ Fizik I;

{ Fizik II.

• Teknik & Koordinasyon.

{ Ders Çizelgelemesi Genel Koordinatörü: Tüm Üniversite/Merkez Kampüs;

{ Fizik I ve Fizik II Dersleri Genel Koordinatörü: Tüm Üniversite/Merkez Kampüs;

{ Yönetim ve bakım Öğretim Amaçlı Bilgisayar Öbeği;

{ Yönetim ve bakım Paralel ve Bilimsel Hesaplama Öbeği.

2013

2011

Doçent

, Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Bölümü, Çankaya Üniversitesi, Ankara,

Kurucu Vekil Bölüm Başkanı.

• Eğitim.

{ Mühendislik İçin Genel Fizik I;

{ Paralel Hesaplama (Yüksek Lisans);

{ Sayısal Hesaplama;

{ İşletim Sistemleri;

{ Paralel Hesaplama;

{ Fizik II;

{ İstatistiksel Hesaplama.

• Teknik & Koordinasyon.

{ Ders Çizelgelemesi Genel Koordinatörü: Tüm Üniversite/Merkez Kampüs;

{ Fizik I ve Fizik II Dersleri Genel Koordinatörü: Tüm Üniversite/Merkez Kampüs;

{ Yönetim ve bakım Öğretim Amaçlı Bilgisayar Öbeği;

{

Yönetim ve bakım Paralel ve Bilimsel Hesaplama Öbeği; Öğretim Amaçlı Bilgisayar Öbeği.

2011

2009

Doçent

, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü, Çankaya Üniversitesi, Ankara, Bölüm

Başkan Yardımcısı.

2009

Doçent (Yoğun Madde Fiziği; Hesaplama Bilimleri Anabilim Dalı)

, Bilgisayar

Mühendisliği Bölümü, Çankaya Üniversitesi, Ankara.

2009

2002

Yardımcı Doçent, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü, Çankaya Üniversitesi, Ankara.

• Eğitim.

{ Sayısal Hesaplama;

{ İşletim Sistemleri;

{ Paralel Hesaplama;

{ Paralel Hesaplama (Yüksek Lisans);

{ İstatistiksel Hesaplama;

{ Sistem Programlama.

• Teknik.

{ Yönetim ve bakım Öğretim Amaçlı Bilgisayar Öbeği;

{ Yönetim ve bakım Paralel ve Bilimsel Hesaplama Öbeği.

2002

2001

Öğretim Görevlisi

, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü, Çankaya Üniversitesi, Ankara.

Eğitim.

{ İleri Programlama Dilleri (Delphi);

{ Bilgisayar Okur Yazarlığı;

{ Bilgisayar Programcılığına Giriş, C Programcılığı;

{ Nesne Tabanlı Programcılık, C++ Programcılığı.

• Teknik.

{

CENG471 & CENG505 Paralel Hesaplama Dersleri İçin Öğretim Amaçlı Bilgisayar Öbeğinin

Kurulması http://wee.cankaya.edu.tr/ganglia/ (Diskless booting, NFS (Network File

System), PBS (Portable Batch System));

{

Paralel ve Bilimsel Hesaplama Öbeğinin Kurulması http://siber.cankaya.edu.tr/boron-

ganglia/ (NFS, PBS).

2001

1999

Araştırma Görevlisi, Fizik Bölümü, Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Ankara.

Asistan.

{ Genel Fizik I & II, Laboratuvar & Soru Çözümleri;

{ Katı Hal Fiziği, Soru Çözümleri;

{ Paralel ve Bilimsel Hesaplama Öbeğinin Kurulması.

1999

1994

Araştırma Görevlisi, Fizik Bölümü, Kırıkkale Üniversitesi, Ankara.

Asistan.

{ General Fizik I & II, Laboratuvar & Soru Çözümleri;

{ Sunucuların Kurulması, Yönetilmesi ve Bakımı.

Mesleki

1993

Teknik Eleman, Biyoﬁzik Bölümü, Hacettepe Üniversitesi, Ankara.

Teknik İşler. 8 ay süresince TÜBİTAK projesinde bilgisayar ve elektronik ilgili işlerin yapılması.

Dergi Editörlüğü

2014

2013

The Scientiﬁc World Journal

, Hindawi Publishing Corporation, SCI-Expanded,

Editör Kurulu: Atomik ve Moleküler Fizik.

2012

Turkish Journal of Electrical Engineering and Computer Sciences

, TÜBITAK,

SCI-Expanded, Yardımcı Editör.

Panelistlik

2012

Panelistlik ve Dış Danışmanlık, MFAG ve MAG, TÜBİTAK.

Dergi Hakemliği

{ Computational Materials Science - 1

{ Diamond and Related Materials - 1

{ Journal of Inorganic and Organometallic Polymers and Materials - 1

{ Journal of Physical Chemistry C - 1

{ Molecular Simulation - 1

{ Physical Review A - 1

{ Physcial Review B - 5

{ RSC Advances - 10

{ RSC Journal of Materials Chemistry A - 1

{ RSC New Journal of Chemistry - 1

{ RSC Physical Chemistry Chemical Physics - 1

{ Turkish Journal of Electrical Engineering and Computer Sciences - 2

{ Turkish Journal of Chemistry - 1

{ Turkish Journal of Physics - 4

{ Cankaya University Journal of Science and Engineering - 1

Alınan Atıﬂar

{ Web of Science Alıntıları February 11, 2024

{

Google Scholar Alıntıları February 11, 2024 TÜBİTAK Dergi Puanlandırmaları

{ Web of Science Kategorileri

Yayınlar (Web of Science)

[1]

2023

•

Nurten Akman and Cem Özdoğan. “Modulation of electronic and magnetic properties

of graphene-triangular h-BN hybrid through monovacancy: Carbon vacancy-BN size

coupling”. In: Materials Science and Engineering: B 298 (2023), 116863 (Cited 0

time). doi: https://doi.org/10.1016/j.mseb.2023.116863.

[2]

2022

•

Cem Özdoğan and Hatice Kökten. “An approach for quantum capacitance of

graphene, carbon nanotube, silicene and hexagonal boron nitride nanoscale super-

capacitors by non-equilibrium Green’s function method”. In: FlatChem 31 (2022),

100313 (Cited 1 time). doi:

https://doi.org/10.1016/j.flatc.2021.100313

[3]

2020

•

Habibu Aminu Hussain, Nurten Akman, and Cem Özdoğan. “Investigation of

the mono vacancy eﬀects on the structural, electronic and magnetic properties

of graphene hexagonal-boron nitride in-plane hybrid embracing diamond shaped

graphene island”. In: Solid State Sciences 108 (2020), 106395 (Cited 2 time). doi:

https://doi.org/10.1016/j.solidstatesciences.2020.106395.

[4]

2020

•

Nurten Akman and Cem Özdoğan. “Vacancy induced robust magnetism in graphene

hexagonal-boron nitride in-plane hybrids with hexagonal shaped islands”. In: Journal

of Magnetism and Magnetic Materials 502 (2020), 166530 (Cited 4 times). doi:

10.1016/j.jmmm.2020.166530.

[5]

2018

•

Nurten Akman and Cem Özdoğan. “Island shape, size and interface dependency on

electronic and magnetic properties of graphene hexagonal-boron nitride (h-BN) in-

plane hybrids”. In: Journal of Physics and Chemistry of Solids 115 (2018), 187–198

(Cited 10 times). doi: 10.1016/j.jpcs.2017.12.025.

[6]

2014

•

Cem Özdoğan, Jens Kunstmann, and Alexander Quandt. “Localization of metallicity

and magnetic properties of graphene and of graphene nanoribbons doped with boron

clusters”. In: Philosophical Magazine 94.16 (2014), 1841–1858 (Cited 8 times). doi:

10.1080/14786435.2014.895875.

[7]

2013

•

Hani A. Alariﬁ, Murat Atiş, Cem Özdoğan, Amming Hu, Mustafa Yavuz, and

Y. Zhou. “Determination of Complete Melting and Surface Premelting Points of

Silver Nanoparticles by Molecular Dynamics Simulation”. English. In: Journal of

Physical Chemistry C 117.23 (June 2013), 12289–12298 (Cited 96 times). doi:

10.1021/jp311541c.

[8]

2013

•

Hani A. Alariﬁ, Murat Atiş, Cem Özdoğan, Amming Hu, Mustafa Yavuz, and Y.

Zhou. “Molecular Dynamics Simulation of Sintering and Surface Premelting of

Silver Nanoparticles”. English. In: Materials Transactions 54.6 (June 2013), 884–889

(Cited 43 times). doi: 10.2320/matertrans.MD201225.

[9]

2012

•

Murat Taş, Nurten Akman, Cem Özdoğan, and Ihsan Boustani. “Fragmentation and

Coulomb explosion of multicharged small boron clusters”. English. In: Physical Review

B 85.23 (June 2012), 235445 (Cited 1 time). doi:

10.1103/PhysRevB.85.235445

[10]

2011

•

Çiğdem Yuksektepe, Canan Kazak, Cem Özdoğan, Ziya Burhanettin Guvenc, Orhan

Büyükgüngör, Figen Arslan, and Mustafa Odabaşoğlu. “Synthesis, Molecular Struc-

ture and DFT Study of 2-(N-Benzoylbenzamido)pyridine-3-yl benzoate”. English. In:

Journal of Chemical Crystallography 41.10 (Oct. 2011), 1520–1527 (Cited 0 time).

doi: 10.1007/s10870-011-0134-3.

[11]

2011

•

Nurten Akman, Murat Taş, Cem Özdoğan, and Ihsan Boustani. “Ionization energies,

Coulomb explosion, fragmentation, geometric, and electronic structures of multi-

charged boron clusters B-n (n=2-13)”. English. In: Physical Review B 84.7 (Aug.

2011), 075463 (Cited 28 times). doi: 10.1103/PhysRevB.84.075463.

[12]

2011

•

Ahmet Artu Yıldırım and Cem Özdoğan. “Parallel WaveCluster: A linear scaling

parallel clustering algorithm implementation with application to very large datasets”.

English. In: Journal of Parallel and Distributed Computing 71.7 (July 2011), 955–962

(Cited 6 times). doi: 10.1016/j.jpdc.2011.03.007.

[13]

2011

•

Jens Kunstmann, Cem Özdoğan, Alexander Quandt, and Holger Fehske. “Stability

of edge states and edge magnetism in graphene nanoribbons”. English. In: Physical

Review B 83.4 (Jan. 2011), 045414 (Cited 191 times). doi:

10.1103/PhysRevB.

83.045414.

[14]

2011

•

Ahmet Artu Yıldırım and Cem Özdoğan. “Parallel wavelet-based clustering algorithm

on GPUs using CUDA”. English. In: Procedia Computer Science 3 (2011). Ed. by A

Karahoca and S Kanbul. 1st World Conference on Information Technology (WCIT),

Bahcesehir Univ, Istanbul, Turkey, Oct 06-10, 2010, 396–400 (Cited 5 times). doi:

10.1016/j.procs.2010.12.066.

[15]

2010

•

Alexander Quandt and Cem Özdoğan. “Feynman, biominerals and graphene - Basic

aspects of nanoscience”. English. In: Communications in Nonlinear Science and

Numerical Simulation 15.6 (June 2010), 1575–1582 (Cited 4 times). doi:

10.1016/

j.cnsns.2009.06.009.

[16]

2010

•

Cem Özdoğan, Saikat Mukhopadhyay, W. Hayami, Ziya Burhanettin Güvenç, Ravin-

dra Pandey, and Ihsan Boustani. “The Unusually Stable B-100 Fullerene, Structural

Transitions in Boron Nanostructures, and a Comparative Study of alpha- and gamma-

Boron and Sheets”. English. In: Journal of Physical Chemistry C 114.10 (Mar. 2010),

4362–4375 (Cited 138 times). doi: 10.1021/jp911641u.

[17]

2009

•

Murat Atiş, Cem Özdoğan, and Ziya Burhanettin Güvenç. “Density Functional Study

of Physical and Chemical Properties of Nano Size Boron Clusters: B-n (n=13-20)”.

English. In: Chinese Journal of Chemical Physics 22.4 (Aug. 2009), 380–388 (Cited

22 times). doi: 10.1088/1674-0068/22/04/380-388.

[18]

2008

•

Alexander Quandt, Cem Özdoğan, Jens Kunstmann, and Holger Fehske. “Boron

doped graphene nanostructures”. English. In: Physica Status Solidi B 245.10, SI

(Oct. 2008), 2077–2081 (Cited 17 times). doi: 10.1002/pssb.200879559.

[19]

2008

•

Alexander Quandt, Cem Özdoğan, Jens Kunstmann, and Holger Fehske. “Function-

alizing graphene by embedded boron clusters”. English. In: Nanotechnology 19.33

(Aug. 2008), 335707 (Cited 20 times). doi:

10.1088/0957-4484/19/33/335707

[20]

2008

•

Cem Özdoğan, Murat Atiş, and Ziya Burhanettin Güvenç. “Surface modiﬁcation by

1 keV ion impact: molecular dynamics study of an Ar+-Ni(100) collision system”.

English. In: Modelling and Simulation in Materials Science and Engineering 16.3

(Apr. 2008), 035003 (Cited 0 time). doi: 10.1088/0965-0393/16/3/035003.

[21]

2008

•

Mustafa Böyükata, Cem Özdoğan, and Ziya Burhanettin Güvenç. “Eﬀects of hydro-

gen hosting on cage structures of boron clusters: density functional study of

(

= 5

−

10 and

n ≤ m

) complexes”. English. In: Physica Scripta 77.2 (Feb. 2008),

025602 (Cited 8 times). doi: 10.1088/0031-8949/77/02/025602.

[22]

2008

•

Mustafa Böyükata, Cem Özdoğan, and Ziya Burhanettin Güvenç. “Hydrogen hosting

of nanoscale boron cluster”. English. In: Romanian Journal of Information Science

and Technology 11.1 (2008), 59–70 (Cited 3 times).

[23]

2007

•

Gülay Dereli, Banu Süngü, and Cem Özdoğan. “Thermal stability of metallic single-

walled carbon nanotubes: an O(N) tight-binding molecular dynamics simulation

study”. English. In: Nanotechnology 18.24 (June 2007), 245704 (Cited 8 times).

doi: 10.1088/0957-4484/18/24/245704.

[24]

2007

•

Mustafa Böyükata, Cem Özdoğan, and Ziya Burhanettin Güvenç. “An investigation

of hydrogen bonded neutral B4Hn (n=1-11) and anionic B4H11(-1) clusters: Density

functional study”. English. In: Journal of Molecular Structure-THEOCHEM 805.1-3

(Mar. 2007), 91–100 (Cited 23 times). doi:

10.1016/j.theochem.2006.10.015

[25]

2007

•

Murat Atiş, Cem Özdoğan, and Ziya Burhanettin Güvenç. “Structure and energetic

of B-n (n=2-12) clusters: Electronic structure calculations”. English. In: International

Journal of Quantum Chemistry 107.3 (Mar. 2007), 729–744 (Cited 46 times). doi :

10.1002/qua.21171.

[26]

2005

•

Murat Atiş, Cem Özdoğan, and Ziya Burhanettin Güvenç. “Parallelization of a

molecular dynamics simulation of an ion-surface collision”. English. In: International

Journal of Modern Physics C 16.6 (June 2005), 969–990 (Cited 3 times). doi:

10.1142/S0129183105007649.

[27]

2003

•

Gülay Dereli and Cem Özdoğan. “O(N) algorithms in tight-binding molecular-

dynamics simulations of the electronic structure of carbon nanotubes”. English. In:

Physical Review B 67.3 (Jan. 2003), 035415 (Cited 10 times). doi:

10.1103/

PhysRevB.67.035415.

[28]

2003

•

Gülay Dereli and Cem Özdoğan. “Structural stability and energetics of single-walled

carbon nanotubes under uniaxial strain”. English. In: Physical Review B 67.3 (Jan.

2003), 035416 (Cited 66 times). doi: 10.1103/PhysRevB.67.035416.

[29]

2002

•

Cem Özdoğan, Gülay Dereli, and Tahir Çağın. “O(N) parallel tight binding molecular

dynamics simulation of carbon nanotubes”. English. In: Computer Physics Com-

munications 148.2 (Oct. 2002), 188–205 (Cited 13 times). doi:

10.1016/S0010-

4655(02)00553-2.

[30]

1997

•

Cem Özdoğan and Şakir Erkoç. “Molecular-dynamics simulation of the structural

stability, energetics, and melting of Cu-n(n=13-135) clusters”. English. In: Zeitschrift

fur Physik D-Atoms Molecules and Clusters 41.3 (Aug. 1997), 205–209 (Cited 14

times).

{ Web of Science Kategorileri

Konferans Yayınları

[31]

2018

•

Cem Özdoğan and Nurten Akman. “Properties of Graphene In-Plane Hybrid Embrac-

ing Hexagonal Shaped Hexagonal-Boron Nitride (h-BN) Islands and Vacancy Induced

Magnetism”. In: 3nd International Conference on Material Science and Technology

(IMSTEC’18), September 17-19, 2018. Nevşehir, Türkiye, 2018, pp. 323–329.

[32]

2014

•

Hani A. Alariﬁ, Murat Atiş, Cem Özdoğan, Amming Hu, Mustafa Yavuz, and Y.

Zhou. “Stability and Melting of FCC Truncated Octahedral Ag Nanoparticles by

Molecular Dynamics Simulation”. In: International Conference on Nanojoining and

Microjoining, December 7-10, 2014. Emmetten, Switzerland, 2014, R27.

[33]

2012

•

Hani A. Alariﬁ, Murat Atiş, Cem Özdoğan, Amming Hu, Mustafa Yavuz, and Y.

Zhou. “Ag Nanoparticles and their Application in Low-Temperature Bonding of Cu”.

In: International Conference on Nanojoining and Microjoining, December 2-5, 2012.

Tsinghua University , Beijing, China, 2012, pp. 83–84.

[34]

2010

•

Nurten Akman, Murat Taş, Cem Özdoğan, Ihsan Boustani, and Ziya Burhanettin

Güvenç. “A DFT Study on the Minimum Energy Conﬁgurations and Stabilities of

Cationic Boron Clusters

(n=2-13)”. In: New Trends in Nanotechnology and

Nonlinear Dynamical Systems, July 25 - 27, 2010. Çankaya Üniversitesi, Ankara,

Türkiye, 2010, pp. 1–5.

[35]

2010

•

Ahmet Artu Yıldırım and Cem Özdoğan. “Geniş Veri Kümeleri Üzerinde Paralel

Öbekleme Uygulaması: Paralel Wavecluster (Parallel Clustering Application on Large

Datasets: Parallel Wavecluster)”. In: BASARIM’10 II. Ulusal Yuksek Basarimli

ve Grid Hesaplama Konferansi (National High Performance and Grid Computing

Conference), July 10-13, 2010. ITU SDKM, Istanbul, Türkiye, 2010, pp. 51–59.

[36]

2010

•

Ahmet Artu Yıldırım, Efe Çiftçi, and Cem Özdoğan. “Geniş Veri Kümeleri Üzerinde

Paralel Veri Madenciliği (Parallel Data Mining on Large Datasets)”. In: 3. Mühendislik

ve Teknoloji Sempozyumu (Engineering and Technology Symposium), April 29-30,

2010. Çankaya Üniversitesi, Ankara, Türkiye, 2010, pp. 29–33.

[37]

2010

•

Ahmet Türk, Cem Özdoğan, and Yahya Kemal Baykal. “Elektromanyetik alanların

insan kafası üzerinde olusturdugu ısı etkisi (Thermal eﬀects of electromagnetic ﬁelds

on the human head)”. In: 3. Mühendislik ve Teknoloji Sempozyumu (Engineering and

Technology Symposium), April 29-30, 2010. Çankaya Üniversitesi, Ankara, Türkiye,

2010, pp. 326–332.

[38]

2008

•

Alexander Quandt, Cem Özdoğan, Maurizio Ferrari, and Giorgio Speranza. “About

Nanometer Sized Analogues of Basic Electronic and Optical Components”. English.

In: 2008 2nd ICTON Mediterranean Winter (ICTON-MW). ICTON Mediterranean

Winter Conference. 2008 2nd ICTON Mediterranean Winter Conference, Marrakech,

Morocco, Dec 11-13, 2008. IEEE. 2008, 195–198 (Cited 0 time).

[39]

2008

•

Ahmet Özgür Erdursun and Cem Özdoğan. “Nanoteknolojik Ürunler Elde Edilmesinde

Kullanılan Benzetim ve Analiz Yazılımları ve Süreçleri (Simulation and Analysis

Software Products and Processes used to obtain nanotechnology products)”. In: 1.

Mühendislik ve Teknoloji Sempozyumu (Engineering and Technology Symposium),

April 24-25, 2008. Çankaya Üniversitesi, Ankara, Türkiye, 2008, pp. 94–99.

[40]

2007

•

Mustafa Böyükata, Cem Özdoğan, and Ziya Burhanettin Güvenç. “Electronic Struc-

ture Analysis of Hydrogenated Nano Scale Boron Clusters: DFT Study of Anionic and

Cationic Complexes of

(

= 5

−

10 and

n ≤ m

)”. In: Second International

Hydrogen Energy Congress, July 13-15, 2007. Istanbul, Türkiye, 2007, pp. 1–12.

[41]

2006

•

Murat Atiş, Mustafa Böyükata, Cem Özdoğan, and Ziya Burhanettin Güvenç. “Bor

mikro-topakları ve hidrojen depolamasındaki becerilerinin incelenmesi (Investigation

of the ability of boron microclusters on hydrogen storage)”. In: III. Ulusal Hidrojen

Enerjisi Kongresi (National Hydrogen Energy Congress), July 17, 2006. Istanbul,

Türkiye, 2006, pp. 1–6.

[42]

2006

•

Ziya Burhanettin Güvenç, Murat Atiş, and Cem Özdoğan. “Surface Modiﬁcation by

1 keV Ar Ion: Molecular Dynamics Study of Ar+Ni(100) Collision System”. In: 2nd

International Congress on Radiation Physics and Chemistry of Inorganic Materials -

Modiﬁcation of material properties, September 10-15, 2006. Tomsk, Russia, 2006,

pp. 284–287.

[43]

2002

•

Murat Atiş, Cem Özdoğan, and Ziya Burhanettin Güvenç. “Yüksek Ölçekli Parallel

Atomistik Bilgisayar Simulasyonu: Yuzey-ion Carpisması (Large Scale Parallel Atom-

istic Computer Simulation: Surface-ion collision)”. In: Yüksek Performanslı Bilişim

Sempozyumu (High Performance Computing Symposium), October 24, 2002. Gebze

Yüksek Teknoloji Enstitüsü, Gebze, Türkiye, 2002, pp. 1–6.

Kitap Bölümleri

[44]

2014

•

Ahmet Artu Yıldırım, Cem Özdoğan, and Dan Watson. “Parallel Data Reduction

Techniques for Big Datasets”. In: Big Data Management, Technologies, and Appli-

cations. Ed. by Wen-Chen Hu and Naima Kaabouch. Hershey, PA, USA: IGI Global,

2014, pp. 72–93. doi: 10.4018/978-1-4666-4699-5.ch004.

[45]

2007

•

Cem Özdoğan. “Scaling Behavior of the Tight Binding Molecular Dynamics Code with

Parallel Matrix Diagonalization (ScaLAPACK): Application to Carbon Nanotube”.

In: HPC-Europe, Science and Supercomputing in Europe Report 2007. Stuttgart,

Germany, 2007, pp. 1040–1043.

Tezler

[46]

2002

•

Cem Özdoğan. “Order(N) Parallel Tight Binding Molecular Dynamics Computer

Simulation: Application to Carbon Nanotubes”. PhD. Ankara, Turkey: Middle East

Technical University, June 2002.

[47]

1996

•

Cem Özdoğan. “Molecular Dynamics Computer Simulation of Copper Clusters:

Structural Stability, Energetics and Melting”. MSc. Ankara, Turkey: Middle East

Technical University, June 1996.

{

Kısa/Uzun Özet Bildirler (25), Davetli Konuşmalar (7), Posterler (2) için (Toplam

34 Adet) için bakınız:

http://cemozdogan.net/work.html#Proceedings%20&%20Abstracts%20|outline